Il Museo di Paleobotanica ed Etnobotanica occupa parte delle sale poste al secondo piano dell'edificio Castello.
La sezione di Paleobotanica espone fossili vegetali, modelli in cotto e in resina, diorami ed un albero filogenetico tridimensionale realizzato in metallo e resine. Poiché le piante fossilizzano peggio di molti animali, questo tipo di museo è molto meno frequente dei più comuni musei di paleontologia.
La sezione di Etnobotanica espone manufatti realizzati utilizzando materiali vegetali, raccolti presso società indigene di luoghi per noi remoti del pianeta. Questi oggetti sono un esempio di attività a impatto ambientale prossimo a zero, nell’ottica della completa sostenibilità
Il museo ha un aspetto divulgativo importante perché permette al visitatore di ricostruire da un lato la storia evolutiva delle piante e dall’altro gli impieghi tradizionali dei vegetali, ormai scomparsi nella cultura occidentale. Per questo suscita molto interesse nel pubblico dell’Orto.