L’agrumeto è una delle aree più antiche dell’Orto Botanico. Fu creato da Michele Tenore su desiderio dei Borbone, i quali apprezzavano molto la moda, assai diffusa all’epoca, di esporre raccolte di reperti archeologici e naturalistici da mostrare agli ospiti. Per seguire tale tendenza, i regnanti borbonici suggerirono al primo direttore dell’Orto botanico l’impianto di una collezione di agrumi, che comprendesse sia piante di interesse alimentare, sia varietà dall’aspetto particolare e apprezzate da un punto di vista ornamentale.
La collezione di agrumi fu ampliata successivamente da Giuseppe Antonio Pasquale e ulteriormente arricchita in tempi recenti. Tra le entità più interessanti attualmente presenti nell'agrumeto sono da ricordare le varietà di arancio amaro (Citrus aurantium) e di cedro (Citrus maxima) dalle caratteristiche “mostruose”, alcune specie, come Citrus volkameriana e Severinia buxifolia, descritte per la prima volta da botanici napoletani, ed esponenti di generi affini a Citrus, quali ad esempio Poncirus, Microcitrus e Fortunella. Sono inoltre rappresentate le specie dalle quali si sono originati tutti gli agrumi coltivati.